Klubi i futbollit Apolonia u themelua me 17 qershor 1925.
Një grup studentësh vendas, të udhëhequr nga Jorgji Xoxa, Jakov Milaj dhe Namik Resuli themeluan të parin klub sportiv në Fier të emërtuar ‘Apollonia’. Emërtimin dhe logon i morën nga rrënojat e qytetit antik të Apollonisë. Klubi ka pasur një aktivitet sportiv të përditshem ku përfshiheshin ekipi i paratërinjve dhe të rriturve në futboll, por edhe në sportet e basketbollit, volejbollit, atletikës, ciklizmit, peshëngritjes dhe boksit.

Në vitin 1930 kur u krijua “Federata Shqiptare e Futbollit” dhe u zhvilluan garat e para të njohura zyrtarisht në vend, Klubi garoi për herë të parë në një garë kombëtare. Para fillimit të kampionatit, Klubi e kishte riemëruar veten si “SK Fier”.

Për shkak të Luftës së Dytë Botërore, nga viti 1939-1945 nuk pati gara sportive në Shqipëri. Pas rikthimit të aktivitetit futbollistik, Klubi ndryshoi emrin në “Apolonia” Fier dhe hyri për të garuar në Ligën e I-rë. Në klubin Apolonia punohej sistematikisht në të gjitha drejtimet, por tifozeria më e madhe ishte për futbollin e të rriturve.

Arritja më e madhe sportive e klubit “Apolonia”, Fier në këto vite ishte fitorja “Kupës së Shqipërisë” në vitin 1998. Në 1998/1999 pas fitores së Kupës së Shqipërisë, Apolonia mori pjesë në Kupën e Kupave ku në raundin e parë u ndesh me KRC Genk. Gjatë këtyre viteve skuadra e I-rë meshkuj ka marrë pjesë 2 herë në kupat e Evropës.

Në sezonin 1989/1990, Apolonia u përball në raundin e parë në Kupën UEFA me “AJ Auxerre” e Francës. Në vitin 1992 Klubi i Futbollit mori emrin “KS Apolonia” dhe u bë klub vetëm futbolli, duke u shkëputur nga organizimi shumë sportësh ku kishte qenë më pare.

Klubi pati vite shumë të vështira, me organizim të brishtë dhe infrastrukturë pothuajse të munguar. Mungonte zinxhiri i moshave dhe menaxhimi profesional e me kulturë, por edhe rregullat e lojës në nivel kombëtar. Futbolli shqiptar po kalonte momente shumë të vështira.

Ndryshimi më i rëndsishëm që ndodhi me Klubin e fotbollit “Apollonia, Fier”, ishte në vitin 2001, kur pronësia e klubit ndryshoi.
Paketa maxhoritare e aksioneve të klubit u ble nga z. Koco Kokëdhima, një binzesmen tepër i susksesshëm në biznese të ndryshme.
Nga 2001 e në vazhdim, klubi fierak mori emrin “F.K. APOLONIA” dhe vazhdon të ketë pronësinë maxhoritare të zotit Koco Kokëdhima, aksioneri tjetër minor është Bashkia e qytetit të Fierit.
Mbas marrjes së Klubit nën kontroll, z. Kokëdhima dhe grupi i tij i menaxhimit bënë reforma të thella që e shndërruan klubin dhe Akademinë e futbollit rrënjësisht.

– U bënë zhvillime në infrastrukturë me 2 fusha sintetike, duke ribërë fushën e barit të stadiumit dhe duke i paisur të gjitha me ndricim të plotë, duke zgjatur kohën e shfrytëzimit të fushave për stërvitje.

– U ndërtuan të gjitha institucionet e nevojshme brenda Klubit “Apolonia”, duke realizuar menaxhim të shkëlqyer të punës dhe burimeve njerëzore të Klubit.

– U rritën kërkesat për kualifikimet e trajnerëve me licencat e duhura, trajnime e dije bashkëkohore.

– U ndërtuan skuadrat e zinxhirit të moshave meshkuj, duke e cuar numrin e skuadrave mbi 20.

– U ndërtuan standardet, procedurat dhe dokumentacioni mbështetës për mirëmenaxhimin e Klubit, lojtarëve, skuadrave dhe mjediseve.

– U ndërtua e u përmiresuan kushtet e mikpritjes për lojtaret e rinj nga rrethe të tjera të vendit.

– U ndërtua palestra, sallat, dhomat e zhveshjes, zyrat, restoranti, muzeu i Klubit, konvikti me dhomat e gjumit dhe kushtet e tjera etj. duke ndihmuar lojtarët për akomodimin dhe përgatitjen e tyre të gjithanshme.

– U plotësua dhe furnizua me veshje e baze të bollshme materiale cdo trajner dhe ekip.

– Nga 1 top për skuadër u kalua në 1 top/lojtar.

– Me iniciativën dhe punën e palodhur të zotit Koco Kokëdhima u ngrit në vitin 2013 skuadra e femrave, që nuk kishte ekzistuar më parë jo vetëm në Fier, por pothuaj në të gjithë Shqipërinë.

– U krijua zinxhiri i moshave për futbollin e femrave.

– Ekipi i femrave të Apolonisë u bë nënkampioni i Shqipërisë dhe nga 2017-2023 është nënkampion i vendit.
Nje numër lojtaresh femra si: Kesjana Goro, Vanesa Levendi, Armira Tuka, Antigona Hyskja, Klea Hamonikaj, Valentina Troka, Aglia Iljadhi, Marinela Mema, Rexhina Troka, etj. janë pjesë e kombëtares së Shqipërisë prej disa vitesh.

– “F.K. Apolonia” eshte bere Klub i dashur dhe i synuar për lojtarë të rinj nga e gjithë Shqipëria. Klubi ka shumë lojtarë që kanë ardhur nga Lushnja, Patosi, Vlora, Kosova, Gjirokastra, Saranda, Delvina, Elbasani, Rrogozhina, Berati, Laci, Shkodra, Lezha, Tirana etj.
– Klubi ka edhe lojtarë të huaj afrikanë nga Nigeria, Gana, Senegali etj. që kontribuojnë në skuadren e parë meshkuj dhe femra.
– Akademia e “F.K. Apolonia” është padyshim akademia më e mirë e futbollit në Shqipëri. Skuadrat e saj rrrisin e trajnojnë lojtarë që janë emra të spikatur në futbollin tonë. Skuadrat e zinxhirit të Klubit janë në top klasifikimet e garave në vite dhe lojtarët e skuadrave të saj janë pjesë e grumbullimeve dhe skuadrave Kombëtare të moshave U13, U15, U14, U16, U17, U19 femra e meshkuj.

FK Apolonia arriti suksesin historik për futbollin shqiptar të të rinjve në “UEFA Youth League”, me ekipin “U19 Meshkuj”: në sezonin 2021/2022 duke mposhtur kazakët e Astanës në sfidën e dyfishtë me rezultatin final 4 me 2, duke arritur kështu në turin e dytë kundër kroatëve të Hajduk Splitit, një hap larg fazës finale të turneut më prestigjioz në botë të grupmoshave U19.
Akademia e “F.K. Apolonisë” është sot shkolla më e besueshme dhe profesionale e futbollit në Shqipëri.
U19 e Apolonisë është dy herë kampione e Shqipërisë në tre sezonet e fundit.

Ka një listë të gjatë lojtarësh që kanë bërë emër e kanë dhënë kontribute të cmuara për futbollin te F.K. Apolonia sikurse F.K. Apolonia ka punuar dhe i ka trajnuar me shumë përkushtim:
K.Majaci, M. Uzuni, O. Roshi, K. Bare, S.Tegu, S.Kokuri, E. Asllani, A.Stroni, Rrepaj, E. Maksuti, P.Tole, V.Stefa, M. Papuçiu, R.Harizaj, I.Haxhiaj, Ansi Agolli, A. Alechenwu, M. Brkič, R. Mihana, Rimal Haxhiu, J. Krasniqi, S. Plaku, N. Orelesi, A. M. Umejiego, Ndubuisi, F. E, Adegbola, M.Shanaj, M. Gjata, R. Hebeja, Xh. Trifoni, E. Topi etj.